北交所的设立对沪深交易所产生了深远影响，主要体现在三大交易所形成互补定位、促进市场结构优化与创新发展，成为多层次资本市场体系的关键变革力量。
在北交所专为创新型中小企业服务，与沪深交易所服务成熟企业的差异化格局互补，这避免了同质化竞争并强化了整体资本市场的包容性。北交所通过更灵活的上市标准接纳成长初期企业，而沪深交易所聚焦规模企业，形成梯度支持体系；这种错位发展有助于优化资源配置，推动沪深主板在服务实体经济时更具针对性，同时北交所的转板机制为优质企业提供了向沪深跃升的通道，增强了市场活力。
短期市场效应显著，北交所开市带动创业指数和证券指数获利，反映了投资者对新兴板块的积极预期。沪深市场的相关板块往往在事件前后出现上涨，得益于北交所流动性改善引发的资金溢出效应；这不仅提振了市场情绪，还促使沪深投资者调整策略，将注意力转向高成长性中小企业，间接缓解了沪深部分板块的估值压力，但需注意风险波动性差异带来的影响。
投资者结构的变化重塑了沪深市场的资金流向，北交所的高门槛（如资产和经验要求）使其以机构投资者为主，与沪深散户主导的格局形成对比。这种差异导致资金逐步向专业化方向倾斜，沪深交易所面临投资者教育深化和风险管理升级的需求；北交所小额交易单位设计提升了操作灵活性，吸引部分沪深资金转向，但整体上协同了市场生态，避免了流动性枯竭。
北交所的改革加速将驱动沪深交易所聚焦创新服务与新质生产力发展，形成良性互动。北交所政策如上市标准优化和并购工具完善，激发了中小企业创新活力，促使沪深在制度创新上跟进，例如深化注册制以增强竞争力；这种协同不仅提升了资本市场服务实体经济的效能，还为中国经济转型注入新动能，但在监管层面需防范跨市场风险传导。
