北交所完整交易收费由券商佣金、交易经手费、过户费、印花税四部分构成，其中经手费、过户费有着固定费率，印花税只在卖出环节单边收取，佣金上限划定之后由各家券商自主调整，不同交易品种费率标准存在明显差异，不存在统一固定的总交易费率。不少习惯币圈短线高频交易的投资者在转向场内交易时，容易忽略零碎规费叠加带来的隐性成本，北交所全部扣费项目会在每一笔订单成交之后实时扣除，完整扣费明细可以在交割单当中拆分查看。
交易所收取的经手费为硬性规费，普通股、优先股统一按照成交金额0.125‰双向收取，也就是买入、卖出订单都会产生这笔费用。可转换债券经手费执行减半标准，按0.0625‰双边计费。大额股份协议转让同样采用双边计费模式，设置了单向单笔十万元的费用封顶线，避免大额转让产生过高交易成本。这笔经手费绝大多数券商都会打包放进交易佣金当中，不会作为单独项目列示，部分投资者只看佣金费率，会误判实际交易成本，在高频交易之下微小费率差会被持续放大，这点和加密市场无统一规费的模式有着本质区别。
过户费由结算机构收取，仅针对股票品种按成交金额0.01‰双向计收，买卖双方均要缴纳，债券、场内基金交易不需要缴纳过户费。印花税属于法定税种，规则固定为成交金额0.5‰，只向卖出方单边征收，买入股票的时候不会扣除印花税，该费率没有协商下调的空间。券商佣金设置监管上限为成交金额3‰双向收取，市场实际执行费率远低于上限，开户默认佣金和协商后佣金差距较大，多数账户默认佣金会附带五元最低收费标准，单笔小额交易会触发最低扣费，小额频繁买卖会推高整体成本，对于习惯小仓位多次开仓的交易者来说，最低收费规则带来的影响不可忽视。
不同品类收费框架并不完全一致，北交所上市交易的基金产品免征印花税，只需要支付佣金以及内嵌的经手费，整体交易成本低于个股交易。普通现券债券现阶段延续费用豁免政策，暂不收取交易经手费，可转债不在豁免范围，依旧执行减半后的经手费标准。大宗交易并没有单独下调股票经手费，依旧沿用普通竞价交易的费率标准，协议转让单独设置费用上限，这也是普通竞价盘和盘外转让业务核心收费差异。很多交易者会混淆北交所与老新三板收费标准，挂牌基础层股票执行0.5‰经手费，和北交所上市股票规则并不互通，不能套用同一套费率进行成本测算。
在实操过程当中，全佣和净佣模式会改变费用的展示形式，全佣模式佣金已经囊括经手费、监管费，投资者不用额外支付规费；净佣只代表券商收取的服务费用，经手费、过户费会单独列项扣费。开户之前要确认佣金类型，避免谈好低佣金之后，额外规费拉高综合费率。北交所没有任何挂单费、撤单费，委托之后未成交的订单不会产生任何费用，只有订单完成撮合才会产生完整交易费用。对比币圈繁多的平台服务费、提币手续费，北交所收费项目清晰固定，仅佣金一项存在谈判空间，其余规费统一标准，不存在平台自主调整规则的情况。
